明洪武二年（1369年），铸洪武大钟，耗铜六千斤，上有“洪武二年铸，祝皇太子千秋”铭文，声洪震远。

清初以来，静安寺屡经兴废。清乾隆六年（1741年），礼部侍郎麦焕出资重修大殿。乾隆四十三年（1778年），歙人孙思望倡议捐资重修殿堂。寺僧大海，曾将寺内被火焚余的宋代银杏树干，雕成十八尊罗汉及一尊韦驮像于寺内供奉。咸丰同治年间，静安寺毁于太平天国战火，唯余一座大住持殿。清同治年间（1862～1874年），仅存1座大殿。光绪初年，大殿塌记。清光绪六年（1880年），在鹤峰法师的住持下，重建静安寺，翌年四月初八寺宇落成。自此形成有名的一年一度静安寺庙会。光绪九年（1883）由李朝观作记、住持鹤峰勒碑，《重建静安寺记》碑文今仍保存于大雄宝殿前壁。

民国元年（1912年），第一个全国性佛教组织——中华佛教总会成立，会址设于静安寺，著名爱国诗僧寄禅法师（八指头陀）任会长。次年，寄禅为保护全国寺庙财产，赴京请愿未果，不幸圆寂于北京法源寺。

民国二年（1913年）3月，中华佛教总会在静安寺开首次全国代表大会，会议推选冶开法师、熊希龄为会长，清海法师为副会长，圆瑛法师为参议长。